Für Pi-hole als DNS-Server ist die Search Domain nicht relevant.
Die lokale Domäne oder search domain oder search suffix wird in der Regel vom Router vorgegeben. Bei einer FritzBox ist das fix und unveränderbar fritz.box.
Um dieses Suffix werden DNS-Anfragen für Nicht-FQDNs ggf. von bestimmten Applikationen auf Client-Seite erweitert, wenn eine DNS-Anfrage gestellt wird. Ein nslookup laptop auf den Namen Deines Laptops wird von Deinem Windows-PC aus z.B. zu zwei DNS-Anfragen führen: für laptop und laptop.fritz.box.
Zur DNS-Rebind-Schutz-Ausnahme: Die FB würde formal wohl sowohl einen Hostnamen als auch eine IP-Adresse pro Zeile akzeptieren.
Ob allerdings eine DNS-Rebind-Schutz-Ausnahme für Pi-hole in Deiner FB überhaupt relevant ist, hängt von Deiner FB-Konfiguration ab. Zur Fritzbox-Konfiguration findest Du hier im Forum zahlreiche Beiträge, z.B. Pi-Hole und FritzBox Setup Anleitung.