Nein, CF und FB als Upstream sind effektiv gleichwertig (und fritz.box wäre der Name, den jede FB -leider unveränderlich- für die lokale Domäne vergibt).
Genaugenommen ist FB als Upstream sogar die bessere Wahl, weil auch IPv6 mit abgehandelt wird. CF in Pihole v4 behandelt derzeit nur IPv4, für IPv6 muss man bei Bedarf noch weitere manuelle Konfigurationen vornehmen.
Und Clients namen nicht gleich wie im FritzBox - #4 by Bucking_Horn hält ein paar Erläuterungen und Lösungsansätze für unerwartete Namen bereit.
Globale IPv6-Adressen (aus dem Adressbereich 2000::/3) bleiben allerdings problematisch.
Ein Lösungsansatz bestünde hier vielleicht darin, client-seitig die Präferenz für die Verwendung bestimmter IPv6-Präfixe anzupassen, siehe meine Anmerkung in PTR einer ULA wird an Upstream DNS weitergeleitet obwohl Conditional Forwarding aktiv - #19 by Bucking_Horn. Selbst ausprobiert habe ich letzteres jedoch noch nicht - ich habe IPv6 abgeschaltet.