Tatsächlich mittels der guten Beschreibung von @FoodFighter hier IPv6 mit Fritzbox und Pihole - Help / Deutschsprachige Hilfe - Pi-hole Userspace (pi-hole.net) hat es vermutlich geklappt.
IE geht scheinbar tatsächlich über IPv6.
Ich habe zudem im Pi-hole noch die Upstream-DNS Server für IPv6 über Google (ECS) aktiviert und den Upstream DNS-Server für IPv4 deaktiviert.
Nur für andere: Upstream DNS Servers sollte also so in der Art aussehen. Bzwh. der Provider eurer Wahl, durch eigene DNS Einstellungen.
Vielen lieben Dank @yubiuser 
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