Pi-hole v6 verwendet diese Datei nicht mehr, siehe Introducing Pi-hole v6:
We’ve streamlined configuration management by consolidating multiple settings files into a single, richly commented
tomlfile, making it easier to manage and understand your settings. If you are migrating from v5, your existing configurations will be migrated automatically into this file. It can be found at/etc/pihole/pihole.toml
Du müsstest die Einträge also über /etc/pihole/pihole.toml abgleichen oder über Settings | DHCP im Expert-Modus.