Da du ja das DHCP über die Fritzbox laufen lässt, solltest du den DNS Server auch bei DHCP eintagen.
Bei: Fritzbox -> Internet -> Zugansdaten ->DNS-Server: Den DNS Server welchen du nehmen willst, bzw welcher für draußen ist. Also zum Auflösen deiner DNS Anfragen. (Google, usw...)
Bei: Fritzbox -> Heimnetz -> Netzwerk -> Netzwerkeinstellungen -> IP-V4-Adressen -> Lokaler DNS-Server: Da die IP deines Raspberry rein.
Dann im Pihole Webinterface unter "settings" -> "DNS" die Upstream DNS Servers alle deaktivieren, bei: Upstream DNS Servers
Custom 1 (IPv4)
Deine Ip deiner Fritzbox
Und dann unten unter: Advanced DNS settings:
IP of your router (die Ip deiner Fritzbox)
Local domain name (fritz.box)
So sollte es aussehen wenn man es richtig macht.
Gruß Klaus
PS: diese liste kann ich dir ans herz legen... habe sie komplett so drin. Einfach die Urls komplett kopieren (außer die kategorien) und in Settings Blocklist einfügen. https://firebog.net/
Dann noch eine Whitelist, damit dein Handy auch noch Updates macht 
Commonly Whitelisted Domains
Und eine Blacklist Commonly blacklisted domains