Das ist auf jeden Fall falsch, da Pi-hole so garaniert früher oder später sporadisch von Deinen Clients übergangen wird.
Mit einer FB solltest Du Pi-hole höchstens in bestimmten Fällen zusätzlich als Upstream einstellen, bevorzugt aber immer als lokalen DNS-Server.
Wirf mal einen Blick auf Pi-Hole und FritzBox Setup Anleitung - #128 by Gert_Chlupaty.
Wenn Du Deine FB Pi-hole ausschliesslich als lokalen DNS-Server via DHCP verteilen lässt, kannst Du in Pi-hole gefahrlos die FB als einzigen Upstream definieren und so Deine FB-Filter mitnutzen.
Damit das aus Client-Sicht klappt, muss ein Client zuvor die DHCP-Informationen neu bezogen haben.