Clients entscheiden autonom anhand der IPv6 prefix policies ihres jeweiligen Betriebssystems, über welche ihrer IPv6-Adressen sie mit einer gegebenen IPv6-Zieladresse kommunizieren.
Das lässt sich durch Pi-hole nicht beeinflussen.
Eventuell kann man die IPv6 prefix policies auf dem jeweiligen Gerät gezielt manipulieren, jedoch müsste man das manuell auf jedem Gerät anpassen, und bei IoT-Geräten dürfte diese Möglichkeit generell nicht zugänglich sein.
Für bessere Übersichtlichkeit im Dashboard würde ich den Router so konfigurieren, dass er ausschließlich die IPv4-Adresse Deines Pi-hole-Rechners als DNS-Server verteilt.
Das geht natürlich nur bei Routern, die das unterstützen, siehe z.B. (Proxmox) DNS Probleme nach Stromausfall - #4 by Bucking_Horn für Fritzboxen oder IPv6 DNS configuration on ZTE H6645P - #7 by Deltwin für ein ZTE-Modell.