dnsmasq ist bereits seit dem Release v4.0 (August 2018) durch Pi-holes eigene pihole-FTL-Binaries ersetzt worden (ein von und für Pi-hole optimiertes dnsmasq).
Dementsprechend muss z.B. der Status wie folgt überprüft werden:
sudo systemctl status pihole-FTL.service
Die gehäuft auftretenden Maximum number of concurrent DNS queries-Meldungen deuten aber auch eher auf ein Problem mit zu vielen DNS-Anfragen hin.
Und nach Deinen Logauszügen zu urteilen, könnte Dein Pi-hole-Hostrechner exzessiv einige NTP-Zeitserver abfragen?