Jein.
Die Warnungen waren schon immer in /var/log/pihole.log enthalten. Durch eine Änderung on der aktuellen Version wurden sie lediglich besser sichtbar gemacht, indem sie u.A. auf dem Dashboard angezeigt werden:
https://github.com/pi-hole/FTL/pull/1243
Die Warnungen sind hier dokumentiert (die Dokumentation wächst noch während wir immer mehr konkrete Fälle bei Nutzern entdecken): dnsmasq warnings - Pi-hole documentation
In Deinem konkreten Fall wird die Warnung auch schon immer da, nur eben nicht sichtbar gewesen sein. Wenn Du in der Datei /var/log/pihole.log schaust, dürftest Du herausfinden, woran das liegt. Solange das NAS ein lokales Interface für den Adressraum 3.x hat, dürfte das kein Problem sein. Hast Du evtl. versehentlich Port 53 von außen aus das NAS weitergeleitet?