Zweimal nein.
Nein, die Kommunikation mit unbound ist extern zu Pi-hole, verlässt aber wegen der Verwendung der loopback-Schnittstelle nicht den Rechner, auf dem Pi-hole läuft.
Und nein, do-ip6: yes in unbound's Konfiguration steuert, ob unbound IPv6 für das Stellen von DNS- Anfragen an seine Upstream-Servern verwenden soll, und ob unbound über IPv6 eingehende DNS-Anfragen beantwortet.
Wie Pi-hole DNS-Anfragen stellt, wird nur in Pi-hole konfiguriert (über entsprechende Upstream-Server).
Na, fast.
Pi-hole erlaubt die Angabe von mehreren DNS-Servern, um bei (kurzzeitigem) Ausfall eines DNS-Servers auch auf andere DNS-Server ausweichen zu können; außerdem wählt Pi-hole automatisch regelmässig den schnellsten verfügbaren DNS-Server als Standard-Server für seine Anfragen aus.
Insofern macht die Angabe einer identischen Auflösungsinstanz hier keinen Sinn, weil weder Ausfallsicherheit noch Geschwindigkeitsvorteile zu erzielen sind. Theoretisch wäre Pi-hole im Stellen der Anfragen ohne die Wahlmöglichkeit sogar um ein paar Nanosekunden schneller, weil ja die Auswahl entfällt.
Darüber hinaus würde die Angabe von ::1 mit der Konfiguration aus dem Guide nichts bringen, da unbound dann solche Anfragen ignoriert.
Generell kannst Du unbound und Pi-hole so konfigurieren, wie Du es für richtig hälst.
Als Anwender, der erstmalig mit Pi-hole, unbound und DNS in Kontakt kommt, findest Du in Pi-holes Dokumentation eine gute Basis, daher würde ich mich an Deiner Stelle zunächst daran halten.
Abweichungen von diesen Empfehlungen sind möglich und auch durchaus sinnvoll, insbesondere wenn sich dies aus Notwendigkeiten heraus ergibt.
In Bezug auf Deine die ursprüngliche Fragestellung erweiterende Frage zur Kommunikation zwischen unbound und Pi-hole ist IPv6 keine Notwendigkeit: Das DNS-Protokoll ist vollständig indifferent gegenüber dem zur Übertragung verwendeten IP-Protokoll. Insofern gibt es auch keine Begründung dafür, von der Empfehlung aus der Dokumentation abzuweichen.
Und zum Schluss ist mir dies noch aufgefallen:
Das ist eine gültige Konfiguration, führt aber dazu, dass DNS-Anfragen in Pi-holes Query Log nicht einzelnen Clients zugeordnet werden können, und auch client-basiertes Filtern ist so nicht sinnvoll möglich.
Das könnte man umgehen, indem man Pi-hole als lokalen DNS-Server über DHCP verteilt. Eine FB kann das.