Deine CF-Einstellungen sind stimmig.
Bei der (zu CF alternativen) Verwendung der FB als einzigem Upstream für Pi-hole laufen DNS-Anfragen vom Client zu Pi-hole zur FB und schließlich zu den Upstreams der FB.
Das funktioniert also, solange Du nicht eine DNS-Endlosschleife konfigurierst, indem Du in der FB wiederum Pi-hole als einzigen Upstream einstellen würdest.
Dann kann es nicht an der fehlenden lokalen Namensauflösung durch die FB liegen, denn bei der zweiten Variante ist diese nach wie vor aktiv, da Anfragen vom Client zur FB laufen (und erst dann zu Pi-hole und schliesslich zu Pi-holes Upstreams).
Eventuell blockiert Pi-hole die Auflösung für einige von der Fritz App verwendeten Namen. Du solltest Dir die DNS-Anfragen des entsprechenden Smartphones genauer anschauen. Dabei kann How do I determine what domain an ad is coming from? helfen.
Möglicherweise unterdrückt in der zweiten Variante auch der DNS-Rebind-Schutz in der FB die Auslieferung von Pi-holes DNS-Antworten an die Clients.