Docker arbeitet standardmäßig ausschließlich mit IPv4.
Glücklicherweise ist IPv6 für den Betrieb von Pi-hole auch überhaupt nicht erforderlich.
Clients können Pi-hole nach Belieben sowohl nach IPv4-Adressen (A records) als auch nach IPv6-Adressen (AAAA records) befragen, und Pi-hole wird diese korrekt beantworten.
Problematisch ist im Zusammenhang mit IPv6 meist etwas anderes, nämlich die Router-Konfiguration:
Die meisten Router propagieren ihre eigene IPv6-Adresse über NDP/RA/RDNSS als lokalen DNS-Server.
Wenn man Pi-hole als lokalen DNS-Server einsetzt, sollte man dieses Router-Verhalten also abschalten, bei Fritzboxen z.B. Unresolved ipv6 adress in my top list - #4 by Bucking_Horn.