Die IPv6-ULA-Adresse des Pi-hole-Hostrechners in der FritzBox als lokalen DNSv6-Server nachtragen.
(Heimnetz | Netzwerk | Netzwerkeinstellungen | IPv6-Einstellungen)
IPv6-fähige Clients werden in der Regel die IPv6-Adresse des DNS-Servers bevorzugen. Solange Deine FB ihre eigene IPv6-Adresse als DNS-Server verteilt, werden IPv6-fähige Clients also Pi-hole über IPv6 umgehen können.
Da die FB die Konfiguration von IPv6 für den lokalen DNS-Server unterstützt, wäre hier die Einrichtung von Pi-hole die bevorzugte Variante.
Wahlweise könntest Du versuchen, IPv6 in der FB komplett zu deaktivieren.
Das kann u.U. zu Problemen führen, sofern diese nicht an einem vollwertigen DualStack-Anschluss hängt (also z.B. nur IPv6 oder DSLite).