ich habe einen Zyxelrouter den SCR50AXE und dort 3 Vlans angelegt. Jeder Vlan benötigt einen DNS Server. IP Adressenbereich VLAN1 :192.168.168.x. In diesem Bereich befindet sich auch der Raspberry.
Dann noch Vlan 3 :192.168.170.x und Vlan 5: 192.168.171.x. Bei jedem kann man einen DNS Server einrichten.
Kann ich bei Vlan 3 und 5 auch den PiHole eintragen?
Das ist eine Frage für den Hersteller Deines Routers (und/oder für die Netzwerkkonfiguration Deines Betriebssystems).
Normalerweise sind VLANs voneinander getrennt.
Die für Dein Vorhaben anwendbare Lösung hängt also davon ab, ob und wie Dein Router Inter-VLAN-Kommunikation unterstützt.
Sollte Dein Router das nicht hinreichend unterstützen, könntest Du noch versuchen, auf dem Rechner, auf dem Pi-hole läuft, je eine (virtuelle) Netzwerk-Schnittstelle für jedes VLAN einzurichten. Auch hier müsste allerdings der Router mitspielen und Adressen unterschiedlicher VLANs auf einem (Ethernet)Port zulassen.