Seit dem Update auf Version 4.1 wird nach dem reboot aber immer wieder der "originale" Logpfad: /var/log/pihole.log bzw. /var/log/pihole-FTL.log gesetzt.
Nach dieser Anleitung wird die Datei als symbolische Verknüpfung angelegt und ist somit nur virtuell im Ordner /var/log vorhanden. Wie sieht Deine /etc/pihole/pihole-FTL.conf aus? Wenn hier ein vom Standard abweichender Pfad angegeben ist, kann es sein dass Du von einem kleinen Fehler in v4.1 betroffen bist. Dieser ist bereits behoben und wir planen eine Version v4.1.1 sehr bald (hoffentlich noch diese Woche) herauszubringen.