Die Einstellung für den lokalen DNS-Server in der FritzBox bewirkt ja, dass den Clients per DHCP als DNS-Server direkt die IP vom Pi-hole mitgeteilt wird.
Die Clients stellen somit ihre Anfragen direkt an Pi-hole.
Wenn Pi-hole dann die Anfrage an die FritzBox weiterleitet, kann diese entweder die Anfragen zu lokalen Hosts selbst beantworten, oder sie leitet die Anfrage wiederum weiter an die DNS-Server, die die Box beim Aufbau der Internetverbindung erhalten hat (Welche das sind, ist unter Inernet > Online-Monitor > Genutzte DNS-Server zu sehen und kann unter Internet > Zugangsdaten > Reiter DNS-Server auch geändert werden).
Ich verwende auch eine solche Konfiguration und habe (weil ich eben den DHCP-Server der FritzBox verwende) auch nur die FritzBox als Upstream-DNS-Server in Pi-hole eingetragen.
Mit dieser Konfiguration läuft es ohne Probleme, auch mit der Namensauflösung der Hostnamen, die die FritzBox verwaltet.
Zu einem Kreisschluss würde es erst dann kommen, wenn ich zusätzlich noch in den Internet-Zugangsdaten den Pi-hole als DNS-Server eintragen würde.