ich beobachte das nach einem Update (pihole -up) der Eintrag cache-size=10000 in der 01-pihole.conf immer wieder auf 0 geht, was dann mit meiner Einstellung Use DNSSEC dazu führt das der Pi-hole nicht mehr funktioniert.
Ein Ändern von setupVars.conf ist dafür bei einer Standard-Installation nicht nötig.
Wie erläutert, setzt Pi-hole den Wert in 01-pihole.conf standardmässig auf 10.000, siehe auch DNS cache - Pi-hole documentation.
Wie der Wert in der setupVars.conf auf 0 kam, kann ich nicht sagen. Ich habe den jetzt mal (wieder) auf 10000 gesetzt, in der Hoffnung das der jetzt so stehen bleibt.
Auch dann nach einem update in der 01-pihole.conf.