Hallo!
Auch wenn das Thema schon was älter ist, hoffe ich es liest noch jemand mit, evtl. Gert_Chlupaty oder Bucking_Horn ?! 
Ich habe heute in meinem Router (Asus RT-AC86U/Merlin) auch IPv6 aktiviert und mit viel lesen auch IPv6 in IPhole zum laufen bekommen. Ich habe alledings als upstream DNS Server PIhole (Google, DNSWatch und Cloudflare) aktiviert. DHCP macht der Router. Hostname ist "lan". Das hab ich auch so im Pihole bei 'conditional forwarding' eingetragen.
Leider bekomme ich da mit der Auflösung der Hostnamen nicht hin.
nslookup zeigt:
Keine Ahnung, warum hier die loopback adresse angezeigt wird. Die 192.168.178.91 ist eine Enigma2 Box.
Auch merkwürdig ist, dass im Query log immer noch ein hostname 'AsusDHCP' erscheint, den ich vor ca. einer Stunde mal gesetzt hatte. Dann habe ich den Hostnamen im Router bei DHCP auf 'lan' geändert?!
Kann mir jemand einen Tip geben?
Vielen Dank!