Ganz im Gegenteil:
Die IP-Adresse des Pi-hole-Rechners sollte in der FritzBox als lokaler DNS-Server konfiguriert werden.
Hingegen müssen die IP-Adressen der FritzBox weder in Docker noch in Pi-hole konfiguriert werden.
Pi-hole kann die FB als Upstream-DNS-Server nutzen, und für Docker kann es je nach gewähltem Netzwerk-Modus erforderlich sein, eine IP-Adresse zuzuordnen (jedoch gerade nicht die der FB).
Nur am Rande:
Deine Portainer-Screenshots zeigen, dass Du Dockers MACVLAN-Netzwerkmodus nutzt und gleich einen ganzen Bereich (/27) von IPv4-Adressen zuweisen möchtest. Wofür brauchst Du diese 30 Adressen?
Für Pi-hole würde genau eine Adresse reichen, und diese müsste dann auch in der FB hinterlegt werden.
Dasselbe würde analog für IPv6-Adressen gelten.
Hier ist allerdings zu beachten, dass Docker standardmäßig nur mit IPv4-Unterstützung läuft. Ich verwende allerdings Portainer nicht und kann daher nicht sagen, ob Portainer genauso voreingestellt ist.
Ich kann außerdem nicht sagen, inwieweit Portainer die IPv6-Einstellungen über Autokonfiguration aus Deinem Netzwerk übernehmen könnte.
IPv6 ist vom Prinzip her stark auf Autokonfiguration ausgelegt.
Bei manueller Konfiguration würde ich GUA-Adressbereiche (2000::/3) meiden, da sich diese ggf. regelmässig und oft ändern könnten, und stattdessen bevorzugt ULAs (fd00::/8) oder LLAs (fe80::/10) verwenden.
Als Router/Gateway sollte in der Regel die link-lokale Adresse (aus dem Bereich fe80::/10) zum Einsatz kommen.
Das von Deinem Pi-hole-Rechner verwendete IPv6-Gateway (also Deine FB) liesse sich z.B. über ip -6 route | grep default ermitteln (sofern IPv6 auf Deinem Portainer-Pi-hole-Rechner aktiv ist).
Du könntest statt MACVLAN auch Dockers Host-Netzwerkmodus wählen, dann würde der Container 1:1 mit den Netzwerkadressen des Hostsystems arbeiten, und die manuelle Konfiguration würde entfallen.
Oder Du konfigurierst die FB so, dass sie überhaupt keine IPv6-DNS-Serveradresse anbietet (RAs und DHCPv6 aus). Dann bleibt den Clients nur, Pi-holes IPv4-Adresse zu verwenden.
Das sind aber streng genommen alles Konfigurationsschritte außerhalb von Pi-hole.
