Wahrscheinlich war das der richtige Weg.
unbound-resolvconf.service schreibt sich selbst sonst immer wieder da rein.
Falls /etc/unbound/unbound.conf.d/resolvconf_resolvers.conf existiert, musst du diese Datei auch noch löschen und in /etc/resolvconf.conf´den Eintrag dafür auskommentieren
#unbound_conf=/etc/unbound/unbound.conf.d/resolvconf_resolvers.conf
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Muss ich das dann immer vor jedem Update ändern?
Sollte nun nicht mehr nötig sein.
Kann es auch damit zusammenhängen, dass bei mir die Updates in PiHole nicht auf dem Webinterface angezeigt werden?
Ja. Das Webinterface kann nur ein Update anzeigen, wenn es weiß, welche die aktuelle (online) Version ist.