Die einzige Info, die ich jetzt gefunden habe ist
cloudflared proxy-dns --address ::
oder eventuell auch der Parameter
--proxy-dns-address="::1" bzw. --proxy-dns-address="::"
Damit soll gleichzeitig IPv4 und IPv6 möglich sein, womit dann doch eigentlich auch die Verwendung von zum Beispiel ::1#5303 gehen sollte.
Zu DoH / cloudflared kann ich aber wenig sagen, ich verwende DNSCrypt gegen meinen eigenen Server.