Das ist primär eine Frage der Routerkonfiguration, und erst sekundär eine für Pi-hole.
Sofern der Router keine IPv6-Adresse als DNS-Server verteilt, kann Pi-hole auch nicht über IPv6 umgangen werden.
Fritzboxen lassen sich so konfigurieren, dass sie nur eine IPv4 als lokalen DNS-Server verteilen, s. z.B. Unresolved ipv6 adress in my top list - #4 by Bucking_Horn.
In dieser Konstellation würde Deine Custom-Konfiguration für IPv6-Rückwärtsanfragen auch einfach entfallen.
Das wird wohl in der Tat durch die Verwendung von Pi-hole als Upstream der Fritzbox zur Filterung des Gastnetzes verursacht. Da gleichzeitig Conditional Forwarding aktiv ist, kommt es hier zu einer partiellen DNS-Schleife, s.a. Maximum number of concurrent DNS queries reached - #8 by Bucking_Horn.