das ist wohl nur der fall, wenn die default config manuell geändert wird (siehe auch feature request). die standard implementierung nutzt zur verteilung der anfragen offenbar eine heuristik.
--all-servers
By default, when dnsmasq has more than one upstream server available, it will send queries to just one server. Setting this flag forces dnsmasq to send all queries to all available servers. The reply from the server which answers first will be returned to the original requester.
falls euch mein feature vorschlag gefällt: einfach mal upvoten ; )