Hallo ich wohne im EG und habe dort eine Fritzbox 7490. Mein Bruder wohnt im DG und er hat ebenfalls eine Fritzbox 7490. Ich habe im DG pihole installiert, soweit alles ok, mein Bruder ist "Werbefrei" wie füge ich jetzt meine Fritzbox dazu, so das ich im EG auch "Werbefrei" surfen kann.
Beide Fritzboxen sind mit Powerline Adapter und einem edgerouter x verknüpft.
EG = 192.168.10.1
DG= 192.168.20.1
Pihole = 192.168.20.31
Ich würde den Pi dort anschließen, wo das Internet (Kabel, DSL) ankommt und damit der DHCP läuft. Die zweite Fritzbox würde ich als Repeater laufen lassen und den edgerouter verkaufen.
Es sei denn, ihr wollt die Netzwerke nicht miteinander teilen. Dann brauchst du aber einen zweiten Pi.
EG und DG sollen Ihr eigenes Internet haben, sprich jeder soll seinen eigenen DHCP haben usw.
Ich hab den pihole als LXC am laufen. Heisst es man kann den pihole nur für ein Heimnetzwerk anwenden?
Ich bin relativ sicher, dass PiHole nur einen IP Kreis bedienen kann.
Aber vielleicht hat einer der Experten eine andere Idee.
Solange Pi-hole lediglich als DNS-Server betrieben werden soll, kommt es allein darauf an, ob Pi-hole im Netz (konkreter: in einem Deiner Subnetze) erreichbar ist.
Aus Deiner (nicht ganz interpretationsfreien) Beschreibung lassen sich damit zwei theoretische Lösungsansätze ableiten (theoretisch, weil ich weder den Edgerouter noch Deine genaue Netzwerkaufteilung kenne):
Dein Bruder hat (wie Du) eine 7490, weil er (wie Du) einen eigenen DSL-Anschluss hat, und der Ubiquiti Edgerouter schaltet die Netze zusammen.
Sofern der Edgerouter das unterstützt, müsste er DNS-Anfragen aus einem Subnetz in das Netz mit dem Pi-hole (also das Deines Bruders) weiterleiten, und gleichzeitig müsste der Edgerouter in Deinem Netz als DNS-Server eingetragen werden.
Dein Bruder teilt sich mit Dir einen DSL-Anschluss
In diesem Fall ist eine der beiden Fritzboxen überflüssig, da kein zweites DSL-Modem benötigt wird.
Wenn der Edgerouter das ausreichend unterstützt, würde ich diesen zum DHCP-Server und DNS-Server machen. Ggf. ist bei Beibehaltung der Subnetze auch dann eine DNS-Weiterleitung erforderlich.
Ob und wie gut Ubiquiti's Edgerouter diese Szenarien unterstützt, kann ich leider nicht beurteilen.
Deine Fragestellung ist aber genau genommen auch nicht spezifisch für Pi-hole, sondern vielmehr für die Konfiguration Deines Netzwerks bzw. noch konkreter der in Deinem Heimnetzwerk vorhandenen Geräte.
Daher würde ich an Deiner Stelle auch an anderer Stelle nach Lösungen suchen, z.B. bei Ubiquiti.
Ein gemeinsamer DNS-Server für mehrere Subnetze sollte keine so seltene Fragestellung sein 
Punkt 1 ist genau das was ich vorhabe, aber wie stelle ich das bei den edgerouter ein?