Wie "klein" ist denn deine Platte?
Ich hab das jetzt mal absichtlich nachgestellt und einfach 3 Stunden laufen lassen... die Logs sind dabei um die 2 GB... Man muss hier allerdings berücksichtigen dass das nicht die pihole logs sind sondern PHP Logs! Für die Entwicklung von PHP sind die Jungs hier schlichtweg nicht zuständig und welches Loglevel du auf Webserver / PHP Ebene verwendest obliegt ja jedem selbst.
Wenn das entsprechend reduziert wird im Loglevel dann hast du das auch nicht in den Logs.
Selbst welchen Webserver du verwendest ist allein die Entscheidung des Admins. Pihole gibt hier nur eine Variante vor die Ressourcenschonend ist.
Damit obliegt dein hauptsächliches Problem bei dir selbst?
Ob pihole oder FHEM sich gegenseitig kennen ist auch zweitrangig denn für die Portnutzung ist doch jeder Admin selbst verantwortlich. Einen Port der weltweit in keiner Software genutzt wird gibt es schlichtweg nicht und die einzige Lösund sind Unix Sockets, das kommt mit v4.
Das einzige was hier wirklich schief läuft ist die fehlende Doku über die Portangabe denn diese Option findet man nur wenn man direkt im Code sucht. Hier muss man dann allerdings wissen wonach man sucht.
Alles in allem liegt trotz der bequemen installer und configs immer noch das Hauptaugenmerk beim Admin 
Was kommt denn stattdessen?