Nein.
Die Begründung hast Du korrekt hergeleitet 
Da die FritzBox Gastnetz und Heimnetz strikt voneinander abschottet und hierzu keinerlei Konfigurationsmöglichkeiten bietet (außer Gastnetz an/aus und Klientenisolation im Gastnetz selbst), hilft hier auch das manuellle Einrichten statischer Routen nichts.
Nein.
Im Heimnetz verteilst Du Pi-hole per DHCP an Deine Geräte (via Heimnetz|…|IPv4-Adressen| Lokaler DNS-Server).
Daher stellen diese Geräte ihre DNS-Anfragen direkt an Pi-hole, wodurch Pi-hole bei jeder Anfrage auch die IP des jeweiligen anfragenden Geräts zu sehen bekommt. EDIT: Und genau deshalb funktioniert die Auflösung einzelner Clients im Heimnetz.
Im Gastnetz hingegen läßt sich in der FritzBox DHCP nicht konfigurieren.
Die FB verteilt daher -genau wie im Werkszustand im Heimnetz- sich selbst per DHCP als DNS-Server.
Geräte im Gastnetz stellen also ihre DNS-Anfragen an die IP-Adresse der Fritzbox (192.168.179.1). Diese wiederum leitet die Anfragen an ihre Upstream-DNS-Server weiter (konfiguriert über Internet|Zugangsdaten|DNS-Server).
Wenn Du da Pi-hole eingetragen hast, kann Pi-hole DNS-Anfragen aus dem Gastnetz zwar filtern, sieht damit aber nur noch die FritzBox als Anfragesteller. Da würde auch Conditional Forwarding (wenn es denn im Gastnetz überhaupt ginge) keinen Deut dran ändern können.