gravity.sh ist in eurer Konstellation beim gescheiterten Upgrade vermutlich nicht aktualisiert worden.
Da (zumindest mir) unklar ist, was sonst noch alles bei euch fehlt, wäre der Weg über eine Installation sauberer.
Vielleicht lässt sich aber auch update.sh analog zum Insatllationsskript so abändern, dass es mit dem Eigenkompilat läuft?