Wenn Du pihole-FTL selbst kompiliert hast, dann wirst Du für die Installation von 5.0 wohl auch wieder aus den Sourcen kompilieren müssen. 
(Daher auch die Frage nach dem Pogoplug, für den das in Is gravity.db missing in v5.0? - #36 by bluzfanmr1 ebenfalls die Lösung war.)