Dann kamen sie auch von der Fritzbox - beide Beobachtungen hängen zusammen.
Fritzboxen verteilen standardmässig sich selbst als lokalen DNS-Server via DHCP, mit einer Gültigkeitsdauer von 10 Tagen.
Solange dauerhaft verbundene Clients ihr DHCP-Lease noch nicht erneuert haben, haben sie weiterhin die Fritzbox für DNS verwendet.
Wenn Du den lokalen DNS-Server in der Fritzbox auf die IPv4-Adresse Deines Pihole änderst, werden DHCP-Clients diese Änderung erst nach Erneuerung des DHCP-Leases übernehmen.
Warum?
Dadurch verliert Dein Pi-hole ggf. die Möglichkeit, im Query Log Client-IP-Adressen in Hostnamen aufzulösen.
Meine Empfehlung ist, die Upstream-DNS-Server in der Fritzbox zu ändern.