Du erstellst eine Datei, z.B. /etc/dnsmasq.d/99-edns.conf und schreibst folgendes rein:
edns-packet-max=1280
Danach führst du ein pihole restartdns aus.
Damit wird Pi-hole die Paketgröße auf max 1280 Byte festlegen und die Warnung sollte nicht mehr auftreten.