Die Konfiguration von Pi-hole als Upstream der FB hat gegenüber der Konfiguration als lokaler DNS-Server den Vorteil, das auch das Gastnetz gefiltert wird, aber den Nachteil, das DNS-Anfragen nicht mehr client-spezifisch zugeordnet werden können.
Wenn Du allerdings Pi-holes Conditional Forwarding aktivierst und gleichzeitig Pi-hole als Upstream-DNS-Server Deiner Fritzbox einstellst, dann hast Du -wie im Guide erläutert- einen potentiellen DNS-Loop (DNS-Endlosschleife) konfiguriert - z.B. würde eine Anfrage für www.google.de.fritz.box zwischen FB und Pi-hole endlos hin- und hergereicht (praktisch bis zum Timeout).
Da DNS-Anfragen von Clients oft routinemässig um die Suchdomäne erweitert werden, könnte dies Deine Beobachtung zumindest insoweit erklären, als nur Clients aus dem Gastnetz betroffen wären.
Das lässt sich wegen entsprechender Konfigurationsmöglichkeiten für das Gastnetz in der FritzBox nicht vermeiden. Du könntest einen entsprechenden Verbesserungsvorschlag bei AVM einreichen, wie z.B. in PiHole + Fritz.Box + Gastzugang - #8 by DL6ER formuliert (ein Entwurf für einen Vorschlag steht im letzten Absatz).
Ich würde also zunächst einmal auf die Gastnetz-Filterung verzichten.
Wenn das keine Besserung bringt, dann beschreibe Dein Fehlverhalten bitte etwas konkreter, möglichst mit Beispielen, und lade ein Debug Log hoch und poste hier anschliessend nur das Token URL.
Das Token generierst Du über
pihole -d
wobei Du die Frage nach dem Upload bejahst, oder Du machst das über die Weboberfläche:
Tools > Generate Debug Log