Ha! was ein Käse!
Die Lösung:
except-interface=nonexisting <- löschen
in /etc/dnsmasq.d eine neue Datei anlegen
touch /etc/dnsmasq.d/02-pihole-own.conf
Und in dieser Datei dann:
interface=eth0
interface=tun0
interface=lo
eintragen.
In /etc/setupVars.conf beide Interfaces ala
PIHOLE_INTERFACE=eth0
PIHOLE_INTERFACE=tun0
eintragen.
Anschließend hab ich die Kiste rebootet da ein reiner pihole restartdns nicht ausgereicht hat.
Ich geb den Hint auch gleich mal in dem anderen Thread, vielleicht hilft es Ihm ja auch.
Das verhalten ist allerdings schon echt strange!