In welchem Format liegen denn diese von Dir verwendeten Blocklisten vor?
Pi-hole hat kürzlich mit Pi-hole FTL v5.22, Web v5.19 and Core v5.16.1 released die Möglichkeit wieder eingeführt, eigentlich nicht für DNS-Blocker entworfene Blocklisten eingeschränkt zu verarbeiten (indem DNS-relevante Anteile der Form ||subomain.domain.com^ daraus berücksichtigt werden).
Diese Listen im Easylist/ABP-Format können (im Gegensatz zum HOSTS-Format) auch Wildcard-Definitionen enthalten.
Sofern also die von Dir verwendeten Blocklisten auch in diesem Format vorliegen sollten und die entsprechenden WIldcards enthalten, könntest Du einfach die entsprechenden Listen in Pi-hole austauschen.