Dein Router annonciert seine eigenen IPv6-Adressen als DNS-Server:
*** [ DIAGNOSING ]: contents of /etc
-rw-r--r-- 1 root root 155 Aug 5 18:04 /etc/resolv.conf
domain fritz.box
nameserver 192.168.178.47
nameserver fd00::464e:6d<redacted>
nameserver 2003<reacted>:464e:6d<redacted>
IPv6-fähige Clients können Deinen Pi-hole über diese IPv6-Adressen komplett umgehen.
Du kannst Deine FritzBox so konfigurieren, dass sie überhaupt keine IPv6-Adressen als lokalen DNS-Server anbietet, siehe z.B. Unresolved ipv6 adress in my top list - #4 by Bucking_Horn.